프랜차이즈는 운영 자율성이 높지 않아 가맹점이 경영 의사 결정을 자유롭게 하기 어려운 구조로, 가맹점의 독립성이 제한된다. 따라서 '가맹점이 프랜차이즈 비용이 부담될 수 있다'는 설명은 사실에 부합하지 않는다. 프랜차이즈의 본질은 브랜드와 시스템을 활용하여 일정한 기준에 따라 운영하는 것이기 때문이다.