단백질 생산에서 높은 효율성을 추구할 때, 단백질의 불용성으로 인해 정제 과정이 복잡해지며 수율을 저하시킬 수 있다. 따라서 단백질의 용해성을 높이기 위해 아미노산 조성의 조절이나 메티오닌 같은 특정 아미노산의 잔기 처리가 필요하다. 일반 효모의 경우, 내독소 제거가 어려워 생산 효율이 감소할 수 있다.