유전자 조작된 미생물이 제조한 단백질의 유전적 불안정성은 주로 복제 수(copy number)가 감소하는 것과 관련이 있다. 복제 수의 감소는 변이 발생 가능성을 높이고, 이는 최종 생성물의 일관성과 품질을 저하시킬 수 있다. 따라서 유전적 불안정성이 생길 경우 제품의 양적 및 질적 영향에 주의해야 한다.