버섯 종균 제조 시 필수적인 초주기구, 금속, 습열 살균 등은 열처리 방법이 중요한데, 140℃에서 3시간 이상 살균하는 것이 효과적이다. UV 살균은 균주의 변이 가능성이 있으며, 화염 살균은 고온에서 짧은 시간만 이루어져 효과가 떨어진다. 따라서 고압 살균이 가장 효과적이다.