배출부과금을 부과할 때는 수질오염물질의 배출량을 고려해야 한다. 이는 환경 보호와 오염 방지의 필요성을 반영하기 위해서다. 따라서, 수질오염물질의 배출량이 정확히 평가되어야 적절한 부과금이 결정된다.