DNA 종기관법은 유전자 분석을 통해 미생물의 분류를 수행하는 방법입니다. 나머지 선택지들은 미생물을 다양한 방식으로 확인하거나 분리하는 기법이므로, 주어진 질문의 '방법이 아닌 것'에 해당합니다. 따라서 정답은 3번입니다.