모의상담연구는 연구자의 의도를 중심으로 상담현상을 분석하는 방식으로, 연구자의 의도가 상담을 조작하는 것이 가능하므로 주관적 결과를 초래할 수 있다. 따라서 윤리적 문제의 제기를 통해 상담의 정당성을 확보하는 것이 어려워지는 한계가 존재한다. 이는 일반적으로 연구의 객관성을 유지해야 하는 이론에 부합하지 않는다.