2. 생물학적 분해는 산소와 영양소가 충분히 공급되는 환경에서 가장 효과적으로 이루어지므로, 대수층에서의 높은 수분함량과 유기화합물의 농도가 매우 중요하다. 낮은 대수층에선 이러한 조건이 부족하여 생물학적 처리가 어려워질 수 있다. 따라서 생물학적 처리의 효율은 환경적 요인에 크게 의존한다.