폐기물 처리 시설을 설치하고자 하는 경우, 해당 신청서는 환경 관련 관리 기관에 제출해야 합니다. 환경부 장관이 주관하며, 지방자치단체의 환경부서와 국립환경과학원도 관련된 절차를 수행할 수 있습니다. 따라서 정답은 환경부장관이 맞습니다.